Zorg voor alle inheemse planten- en diersoorten en voor de natuurlijke rijkdommen van gebieden wordt gegarandeerd door de naleving van de wet- en regelgeving ten aanzien van natuur en milieu. De instrumenten die deze bescherming mogelijk maken zijn op Europees niveau vertaald in Natura 2000. De Europese Habitatrichtlijn en de Europese Vogelrichtlijn zijn in Natura 2000 opgenomen. De Europese wetgevingen zijn in Nederland vertaald in de Flora- en faunawet voor de soortbescherming en in de gewijzigde Natuurbeschermingswet 1998 voor de gebiedsbescherming. Nederland heeft daarmee de Europese wetgeving in de nationale wetgeving verankerd. Door voorafgaand aan een (bouw)project of ruimtelijke ontwikkeling rekening te houden met het eventueel voorkomen van beschermde en/of zeldzame planten- en diersoorten kan effectief worden omgegaan met de aanwezigheid van een beschermde soort. Een dreigende overtreding van de Flora- en faunawet kan zo snel gesignaleerd en, in veel situaties, voorkomen worden. Vervolgens kan er accuraat actie ondernomen worden om zodoende de overlevingskansen en migratiemogelijkheden van een beschermde soort in het betreffende gebied geen blijvende schade toe te brengen.
Om te kunnen bepalen of er in een bepaald plangebied (habitats van) beschermde plant- en diersoorten aanwezig zijn wordt, voorafgaand aan een ruimtelijke ontwikkeling, normaal gesproken een quickscan flora en fauna uitgevoerd. Mocht uit deze quickscan blijken dat er geen (habitats van) beschermde flora- en fauna aanwezig zijn dan is daarmee aan de onderzoeksplicht voldaan. Is er naar aanleiding van deze quickscan wel sprake van aanwezigheid of vermoeden van voorkomen van (habitats van) beschermde plan- en diersoorten dan dient in veel gevallen een vervolgonderzoek hierover meer duidelijkheid te verschaffen. In onderhavig geval is afgezien van het uitvoeren van een dergelijke quickscan omdat de huidige bestemming de oprichting van voorgestelde bebouwing alsmede de inrichting en verharding conform het planvoorstel reeds toestaat. Deze mogelijkheid volgt uit het vigerende bestemmingsplan 'Bedrijventerrein Eijsden-Maastricht'. Het is enkel het gebruik van de locatie als tuincentrum dat in strijd is met de van toepassing zijnde bedrijfsbestemming. Ten tijde van het opstellen van het bestemmingsplan 'Bedrijventerrein Eijsden-Maastricht' is in afdoende mate aangetoond dat bij uitvoering van het bestemmingsplan geen floristische of faunistische waarden worden aangetast. De gronden van onderhavig plangebied zijn daarnaast sinds de inwerkingtreding van het bestemmingsplan dusdanig gecultiveerd dat zich hier in de loop der tijd geen bijzonder floristische of faunistische waarden hebben kunnen ontwikkelen.
Speciale aandacht vergt wel de aanwezigheid van de das in de omgeving van het plangebied. In het kader van het bestemmingsplan 'Bedrijventerrein Eijsden-Maastricht' is, gezien de aanwezigheid van een dassenburcht bij de Zeep, een natuurcompensatieplan opgesteld. Ten behoeve van het in september 2011 vastgestelde bestemmingsplan 'Spreiding maastrichtse coffeeshops: Köbbesweg' (plusminus 600 meter ten zuiden van onderhavig plangebied) opnieuw onderzoek gedaan naar de status van de dassenburcht en de omvang van het actuele leefgebied van de das. Hierbij is geconstateerd dat de aantasting van het leefgebied van de dassenburcht van de Zeep inmiddels voldoende is gecompenseerd. Van belang is dat een goede uitwisseling tussen de dassenfamilies mogelijk blijft. Hiertoe zal de gemeente Maastricht een migratieroute ontwikkelen tussen het distributiecentrum langs de Rekoutweg en de nieuw te ontwikkelen coffeecorner aan de Köbbesweg. Ook zal onder de Köbbesweg een dassentunnel worden gerealiseerd.
De migratieroute tussen de dassenburcht ten zuiden van de RWZI en de burcht in Maasveld zal door de ontwikkeling van onderhavig plan niet worden aangetast omdat deze zich buiten het plangebied bevindt.
Gebiedsbescherming vanuit provinciaal beleid (POG- en EHS-gebieden) en de Natuurbeschermingswet 1998 (Natura 2000 gebieden) is in onderhavig plangebied niet aan de orde. Resumerend kan worden aangegeven dat het aspect Flora en fauna geen belemmering vormt voor onderhavig plan.